Comment gérer la longue maladie de mon salarie ?

Lorsqu'un salarié est placé en arrêt de longue maladie, l'employeur dispose de deux grandes voies : organiser son remplacement le temps de l'absence, ou mettre un terme à son contrat de travail. Chacune répond à un cadre juridique précis qu'il convient de maîtriser pour sécuriser ses décisions.

1. Remplacer le salarié absent

Le remplacement peut s'organiser en interne, en réaffectant les tâches au sein de l'équipe, ou en externe, en recrutant une ressource dédiée. Le choix dépend de la durée prévisible de l'absence et des compétences mobilisables dans l'entreprise.

Le remplacement en interne

Répartition des tâches entre plusieurs salariés. Tout ou partie des missions du salarié absent est répartie entre différents membres du personnel. Cette organisation n'a pas obligatoirement à être formalisée par un écrit. En pratique, elle ne constitue pas une modification du contrat de travail, car une surcharge temporaire relève en principe du domaine de compétences des autres salariés.

En contrepartie, l'employeur procède au paiement des heures effectuées en plus et peut prévoir une valorisation financière temporaire, sous forme de complément de salaire ou de prime. Il faut toutefois s'assurer que les autres salariés sont en mesure d'« absorber » la surcharge, sans que cette affectation temporaire n'affecte excessivement leur durée de travail.

Affectation des tâches à un seul salarié. Les fonctions du salarié absent sont confiées à un seul collaborateur, de façon totale ou partielle. Si cette affectation temporaire à d'autres fonctions entraîne une modification du contrat de travail, il faut rédiger un avenant, lui-même temporaire.

Dans le cadre d'un remplacement total, le salarié remplaçant n'assume plus ses tâches habituelles. Il devient alors nécessaire de recourir à un CDD pour remplacer ce salarié affecté temporairement à un autre poste : on parle de remplacement « en cascade ».

Côté contreparties, l'employeur paie les heures effectuées en plus et applique le principe « à travail égal, salaire égal » : en principe, le salarié remplaçant doit percevoir la même rémunération que le salarié absent.

Le remplacement en externe

Le recours au CDD. Le remplacement d'un salarié temporairement absent constitue un motif légal de recours au CDD. Deux types de contrats sont alors envisageables :

La rédaction des contrats de remplacement répond à un formalisme particulier, qu'il convient de respecter scrupuleusement.

Le recours à l'intérim. Il est également possible de faire appel à l'intérim pour remplacer un salarié absent.

2. Rompre le contrat de travail du salarié malade

Lorsque le remplacement n'est plus envisageable, plusieurs modes de rupture peuvent intervenir, selon la nature du contrat et l'origine de l'arrêt.

Le salarié malade en CDD : quelle fin de contrat ?

Arrêt d'origine non professionnelle. Lorsque la fin du CDD intervient pendant l'arrêt de travail, le contrat prend fin à la date prévue, quelle que soit la rédaction du contrat.

Arrêt d'origine professionnelle. Lorsque le CDD ne mentionne pas de clause de renouvellement et arrive à son terme pendant l'arrêt de travail, les relations contractuelles prennent fin normalement, à la date prévue.

En revanche, si le contrat initial comporte une clause de renouvellement, l'employeur est censé prolonger le CDD du salarié, même s'il est toujours en arrêt. L'employeur qui ne souhaite pas renouveler le contrat doit alors justifier d'un motif étranger à l'arrêt — par exemple, pour un CDD saisonnier, des conditions climatiques et une baisse d'activité ne permettant pas de prolonger la saison.

Le licenciement pour absence désorganisant l'entreprise

Ce cas vise un salarié en CDI qui transmet de façon répétée des arrêts maladie d'origine non professionnelle. Le licenciement d'un salarié en raison de son état de santé est considéré comme discriminatoire et donc nul (article L1132-1 du Code du travail).

Il reste toutefois possible de licencier un salarié au motif que son absence prolongée ou ses absences répétées perturbent le fonctionnement de l'entreprise. Plusieurs précisions s'imposent :

• les perturbations engendrées par l'absence ne s'apprécient pas seulement au niveau du service auquel le salarié est affecté, mais au niveau de l'entreprise ;
• ce sont les conséquences de cette absence qui fondent le licenciement.

La jurisprudence établit des conditions précises sur la caractérisation de ces perturbations :

• un effectif faible ;
• un poste exigeant des qualifications spécifiques ou un niveau de responsabilité assez élevé, rendant le remplacement « temporaire » difficile ;
• un arrêt maladie d'une certaine durée, entre 4 et 6 mois environ ;
• un secteur d'activité connaissant une pénurie de main-d'œuvre ;
• une absence rendant nécessaire le remplacement définitif et total du salarié (ni CDD, ni intérim).

Pour le reste, la procédure applicable est celle du licenciement pour motif personnel, mais certaines mentions sont obligatoires dans le courrier de notification.

La rupture conventionnelle

La rupture conventionnelle est possible en cours d'arrêt maladie, que celui-ci soit d'origine professionnelle ou non. Elle offre une voie de séparation négociée, sécurisée pour les deux parties.

3. Questions fréquentes

Faut-il un écrit pour répartir les tâches d'un salarié absent entre plusieurs collègues ?

Non. Cette répartition n'a pas obligatoirement à être formalisée par un écrit et ne constitue pas, en principe, une modification du contrat de travail, la surcharge temporaire relevant du domaine de compétences des autres salariés.

Peut-on licencier un salarié parce qu'il est malade ?

Non. Le licenciement fondé sur l'état de santé est discriminatoire et donc nul. Seul le trouble objectif causé au fonctionnement de l'entreprise par une absence prolongée ou des absences répétées, nécessitant un remplacement définitif, peut justifier une rupture, dans des conditions strictes.

Quelle durée d'absence est généralement retenue par la jurisprudence ?

La jurisprudence retient notamment un arrêt maladie d'une certaine durée, entre 4 et 6 mois environ, parmi les critères caractérisant une désorganisation de l'entreprise.

Fiche rédigée par le service juridique de Paie & RH Solutions — Dernière mise à jour le 15/06/2026.